Le complexe Shadow est présenté au format 2.5D; Le monde du jeu est entièrement tridimensionnel, mais le joueur ne peut se déplacer qu'en deux dimensions, simulant l'environnement d'un jeu vidéo classique. Les ennemis peuvent cependant se déplacer dans n'importe quelle direction, et Aimo Aim est utilisé pour permettre au joueur de tirer sur des ennemis ou des objets à proximité à l'intérieur et à l'extérieur de l'avion 2D. Le joueur peut utiliser le bon bâton de commande pour viser avec un viseur laser. Le gameplay dans Shadow Complex a été inspiré par Super Metroid et Castlevania: Symphony of the Night. Le gameplay prend de nombreux indices de Metroid: le joueur peut se déplacer librement à travers le vaste monde de jeu, vaincre les ennemis avec une variété d'armes, et comme ils surmontent les défis, ils gagnent de nouvelles capacités et armes qui leur permettent d'atteindre de nouvelles zones. Le jeu récompense le joueur avec des points d'expérience alors qu'ils remplissent les objectifs et vaincaient les ennemis. Le joueur peut acquérir des niveaux d'expérience, chaque niveau augmentant les attributs de base du personnage. Ces niveaux d'expérience accordent aux compétences des joueurs tels que l'amélioration de la précision des coups de feu ou de la résistance aux dégâts. Des récompenses spéciales telles que la révélation de la carte complète et des munitions spéciales illimitées sont accordées à des niveaux spécifiques. Lorsque le joueur commence un nouveau jeu, il perdra toutes les armes et objets qu'il a acquises, mais maintiendra le niveau d'expérience du personnage et les avantages qu'ils ont déjà reçus de cette expérience. En plus de la campagne principale, un certain nombre de niveaux de défi, appelés «terrains de prouvance», sont disponibles, obligeant généralement le joueur à se rendre à la sortie d'une pièce en utilisant un ensemble limité d'articles et de santé. Les joueurs sont classés en fonction du temps d'achèvement et de tout objectif de score lorsqu'ils terminent le niveau. Les scores et autres statistiques de la campagne principale et du groupe de formation sont suivis via des classements en ligne. Une version remasterisée et un port ont été annoncés lors des 215 Game Awards, pour sortir pour PS4, Xbox One, PC.