Tout comme son prédécesseur, Yo-Kai Watch 2 est un jeu vidéo de rôle mondial ouvert, où le joueur a le contrôle du personnage du joueur Nathan Adams, ou alternativement, Katie Forester. Les joueurs naviguent dans le monde ouvert en utilisant l'écran tactile de Nintendo 3DS pour trouver et se lier d'amitié avec divers Yo-Kai, qui sont dispersés à travers le monde. Les joueurs se lient d'amitié avec Yo-Kai en leur donnant un aliment qu'ils aiment avant de commencer la bataille, et après avoir vaincu le Yo-Kai, il s'approche du personnage du joueur et leur donne sa médaille Yo-Kai, ce qui lui permet d'être convoqué à volonté. Une nouvelle fonctionnalité dans les batailles est d'utiliser l'écran tactile pour trouver un Sweetspot particulier sur un Yo-Kai ennemi pour augmenter la probabilité de se lier d'amitié avec la fin de la bataille, ou d'autres super-taches pour des dégâts supplémentaires, de l'argent supplémentaire ou une expérience supplémentaire. Yo-Kai peut également être acquis via un jeu Crank-A-Kai (machine Gasha) en collectant des pièces dans le jeu ou en utilisant des pièces de jeu. Certains Yo-Kai sont nécessaires pour terminer la quête principale du jeu, et des Yo-Kai rares spéciaux sont acquis par diverses sous-requêtes. Yo-Kai a la capacité d'évoluer en versions plus puissantes d'eux-mêmes s'ils atteignent un certain niveau, ou ils peuvent évoluer en se combinant avec des éléments particuliers ou d'autres yo-kai. Les Yo-Kai sont divisés entre huit classes différentes, chacune avec ses propres forces et faiblesses. Il y a aussi le Yo-Kai légendaire qui ne peut être obtenu qu'en collectant un ensemble particulier de Yo-Kai répertorié dans la médallium Yo-Kai, un recueil des différents Yo-Kai que le joueur a rencontrés ou liés d'amitié. Lorsque le joueur rencontre un Yo-Kai, il entre en combat avec six Yo-Kai dont le joueur s'est lié d'amitié précédemment. L'écran tactile est utilisé pendant les batailles pour tourner parmi les yo-kai du joueur à volonté. Il est également utilisé soit pour éliminer les effets de statut sur le Yo-Kai du joueur, soit pour charger les capacités Soultime du Yo-Kai. Alors que la montre Yo-Kai originale mettait en vedette près de 250 Yo-Kai, Yo-Kai Watch 2 en comprend près de 450, dont plusieurs qui ont été présentées comme boss dans le jeu original.