Comme la salamandre d'origine, et par opposition aux sorties de la force vitale, Salamander 2 abandonne le système de puissance basé sur la barre de sélection, en faveur d'un système simplifié qui se concentre sur la mise sous tension des armes en fonction des icônes spécifiques. Par exemple, le joueur ne peut pas augmenter la vitesse de son navire jusqu'à ce qu'une icône de vitesse soit ramassée; Les icônes de vitesse supplémentaires augmentent encore la vitesse du navire. Plusieurs armes, lorsqu'elles sont en outre améliorées, se transforment en une «super» arme pendant environ dix secondes. Si le joueur a le laser Ripple, puis obtient une autre icône pour cela, le joueur recevra le buster Ripple de grande puissance pendant une courte période. Les options ont été légèrement modifiées avec l'arrivée des «graines d'option», qui sont de petites options qui orbitent le navire ne tirant que le tir initial de base. Deux graines d'option peuvent se combiner en une seule option complète. De plus, les options peuvent également être sacrifiées pour utiliser une arme de faisceau à court terme. Plusieurs boss ennemis typiques des jeux Gradius reviennent, y compris le Brain Golem (The First Level Boss) et le Tetran (le boss de deuxième niveau). Il y a un total de six niveaux. Étant donné que le jeu est similaire à sa préquelle, Salamander 2 n'utilise pas la fonction de démarrage de la renaissance de Gradius (qui repousse le joueur à un point de contrôle prédéterminé si une vie est perdue), de nombreuses personnes considèrent ce titre plus facile que les autres titres de la série Gradius en raison de cela. Une fois le jeu terminé, il commence sa deuxième boucle à une difficulté beaucoup plus élevée. La musique est également changée en versions remixées de la musique de Salamander à certaines étapes. Le navire du premier joueur s'appelle Vic Viper tandis que le navire du deuxième joueur est Super Cobra.