Yokosuka, Japon, 2112 AD. Le jeune étudiant Kazuki Takemura travaille comme pilote de test avec Kirishima Industries, une société de production de Wanzers de bataille militaire (Panzers Walking), des robots de marche mécanisés avec un mouvement similaire à celui d'un être humain. Kazuki vient de terminer le test des capacités de combat du nouveau prototype Zeinslev dans le laboratoire. Terminant les tâches de sa journée, son meilleur ami Ryogo est demandé pour aider à la livraison de l'entreprise à l'armée de la Force de défense japonaise (JDF). Ce choix simple détermine où est Kazuki lorsque des choses étranges commencent à se produire au Japon. Une grande explosion, un vol Wanzer, sa sœur Alysia chassée, des rumeurs d'une arme puissante et des accusations d'implication par des agents de l'OCU et de l'USN rendent tous la situation plus compliquée. Kazuki est balayé dans une parcelle de loyauté conflictuelle et attaqué par diverses factions. Il devra recruter des personnages et des Wanzers supplémentaires afin d'être victorieux au combat et d'enquêter conduit à découvrir ce qui se passe.