En 2096, le Wanzer ("Walking Tanks" Mecha) forment l'épine dorsale de nombreuses forces militaires. La communauté européenne bénéficie d'une période de paix relative lorsqu'elle est surpris par des attaques soudaines contre les bases allemandes d'une force mystérieuse. Pour enquêter, il est décidé d'envoyer le EC Armour Tactics Research Corps, également connu sous le nom de "Durandal". À l'intérieur du Durandal, une jeune nouvelle recrue, Elsa se retrouve bientôt prise dans un complot international. Pendant ce temps, la nation du Venezuela tente de se séparer des États continentaux unifiés (U.C.S.). Les forces de l'UCS sont envoyées pour restaurer l'ordre et disposer du gouverneur Diaz. Lors d'une patrouille de routine, le Sgt. Darril et sa patrouille témoignent d'un avion de fret abattu. Se dirigeant pour enquêter, ils découvrent bientôt que c'était un avion portant une partie de l'or de Diaz. Pour les soldats de l'UCS démoralisés comme Darril, cela sent comme l'opportunité ... Front Mission 4 est un jeu de stratégie au tour par tour où l'intrigue bascule entre deux théâtres d'opération différents: Elsa et Darril. Contrôlant les forces de Wanzer de l'un ou l'autre personnage, l'histoire progresse simultanément. La plupart des batailles se déroulent sur une carte aérienne divisée en phase de joueur et en une phase ennemie. En règle générale, un Wanzer peut se déplacer une fois et utiliser ses points d'action restants (AP) pour tirer sur l'ennemi ou utiliser une capacité. Le succès à Battle gagne des points d'expérience, qui sont échangés contre de nouvelles capacités, telles que des primes rapides ou des primes d'évasion. Chaque personnage a une limite définie de créneaux de compétence, qui sont remplis différemment par les capacités. Bien que chaque personnage commence par une préférence dans les compétences, il n'y a aucune limitation à ce qu'un pilote peut apprendre. L'argent, trouvé pendant la carte (avec les articles) ou gagné après une bataille réussie, peut être utilisé pour mettre à niveau les Wanzers et acheter de nouvelles armes.