Dans le futur Crystal Tokyo, un petit groupe de citoyens mécontents s'est réuni pour former une équipe rebelle de senshi appelée Oppositio senshi, qui estime que le Sailor Senshi et le cristal argenté sont la source de toutes les batailles passées de la Terre. Avec une femme mystérieuse nommée APSU, ils désirent tordre le temps et changer le destin de la terre. De nos jours, les Sailor Senshi jouissent de la paix maintenant que les Death Busters ont été vaincus. Cependant, des choses étranges commencent à se produire dans la ville. Auparavant, les Daimons, les droïdes et Youma apparaissent dans toute la ville. Une visite de Ryo Urawa révèle une déclaration cryptique selon laquelle le passé et l'avenir sont remplacés. Rei voit d'étranges apparitions dans le feu, puis les quatre senshi intérieurs, ainsi que Chibiusa disparaissent. Sailor Moon rencontre Uranus, Neptune et Saturne pour aller chercher les senshi manquants.