Harry Potter et la Chamber of Secrets sont le deuxième match de la série pour Game Boy Advance. Comme son prédécesseur, c'est un jeu d'aventure d'action mais cette fois avec une perspective isométrique. Dans la deuxième année de Harry à Poudlard, l'ancienne Chambre des secrets a été ouverte et ce qui se cache à l'intérieur est d'attaquer les étudiants. Pour passer cette épreuve vivante, Harry doit à nouveau relever divers défis. Ceux-ci consistent principalement à naviguer dans de gros labyrinthes, à combattre des monstres, à résoudre des puzzles, à retourner les commutateurs et à appuyer sur les boutons pour que les portes s'ouvrent. Comme Harry est souvent dans des endroits qu'il ne devrait pas être, les séquences furtives font également partie du jeu. Pour éviter les enseignants et les préfets, il peut se faufiler lentement et se cacher derrière les rideaux. S'il est pris, il est jeté et les points de la maison peuvent être déduits. Enfin, Quidditch est également de retour dans ce jeu, cette fois dans un espace tridimensionnel, vu de l'arrière.