Les versions PSP et NDS ne sont pas une adaptation directe et linéaire du film, mais emmenez plutôt le joueur à travers un univers plus vaste de la série, avec de nombreux personnages et tâches indépendants, finissant par faire avancer l'histoire à travers des cinématiques. Chez Poudlard, Harry, le seul personnage contrôlé par le joueur, doit effectuer de nombreuses quêtes d'autres étudiants, tels que l'arrêt des intimidateurs, la collecte d'ingrédients ou même la recherche d'accessoires de Luna qui ont disparu. Poudlard peut être exploré librement et les quêtes sont déclenchées à travers des cinématiques ou en parlant à d'autres personnages. Ceux-ci sont stockés dans un journal Remembrall, où les noms ou les caractères peuvent être mis en évidence pour trouver leur emplacement sur la carte.