Breath of Fire: Dragon Quarter est un écart radical par rapport aux titres précédents de la série Breath of Fire, et à certains égards des jeux de rôle standard de style japonais en général. Le jeu est construit comme un énorme robot de donjon, sans carte Overworld. Le combat est tactique: chaque personnage a des points d'action (AP), qui peuvent être utilisés pour se déplacer autour de l'écran lors d'une rencontre ennemie, et effectuer une variété d'attaques combo. Il n'y a pas de magie dans le jeu, et bon nombre des objets trouvés dans les donjons sont aléatoires. Tous les ennemis sont visibles à l'écran. Selon qui a d'abord initié un contact physique, le parti ou les ennemis obtiennent un virage supplémentaire dans les batailles. Le jeu permet (et même encourage) le joueur à le redémarrer depuis le début, en gardant les articles et l'expérience du parti. Le jeu propose également un compteur spécial - Ryu peut utiliser ses capacités de transformation de dragon traditionnelles, mais le comptoir augmente avec chacune de ces transformations, et lorsque le compteur atteint 100, le jeu est terminé. L'augmentation du rapport D permet aux personnages d'accéder à de nouvelles zones à chaque fois que le jeu est rejoué.