Soul Hackers 2 se déroule au 21e siècle et se déroule pendant une guerre entre les Yagaratsu et la Phantom Society, deux factions opposées des invocateurs du diable. L'histoire suit deux êtres surnaturels "Aion" nommés Ringo et Figue, qui descendent dans le monde humain de leur lieu de naissance dans le flux d'informations, afin d'éviter un événement cataclysmique qu'ils prédisent condamner l'humanité