Le jeu commence avec le docteur Eggman tournant Tails, Amy Rose, Rouge et le Master Emerald en cartes avec son nouvel appareil. Sonic et Knuckles arrivent sur les lieux et découvrent ce qui s'est passé. Knuckles, déterminé à sauver le maître émeraude, dit à Sonic que le travail d'équipe est hors de question et qu'il doit d'abord se rendre à Eggman. Sonic Snickers et dit qu'il aime un bon défi. Pendant ce temps, Shadow the Hedgehog reçoit un signal de détresse d'Eggman. Soudain, un mystérieux hérisson nommé Silver apparaît du futur. L'argent est ensuite poursuivi par l'ombre. Quand ils se rencontrent, Silver dit à Shadow qu'il doit se rendre à Eggman, d'abord. Après de nombreux conflits, il est révélé que le Dr Eggman est en fait Eggman Nega et que le vrai docteur Eggman est capturé dans une carte avant l'histoire. Après une dernière bataille avec Sonic, Knuckles, Shadow et Silver, Nega est vaincue, tout le monde est retourné à ses formes d'origine, et Silver revient dans le futur avec Eggman Nega qui est piégé à l'intérieur d'une carte.