Le chao a disparu et sonic The Hedgehog et les miles "Tails" se lancent immédiatement dans l'affaire pour les trouver. Il s'avère que Eggman Nega (une fois de plus se faire passer pour le docteur Eggman) a volé le chao et les a cachés dans un manoir hanté. Son plan est de les nourrir à une bête inter-dimensionnelle appelée «ifrit» qui a besoin de les manger pour devenir invincible. Après cela, il prévoit de libérer l'IFrit dans le monde afin de le détruire. Cependant, pour ouvrir le portail vers le monde de l'Ifrit, les sept émeraudes du chaos sont nécessaires. Eggman Nega embauche secrètement la batte pour récupérer les émeraudes du chaos. Le maître émeraude a également disparu (encore) et fait partie des équipes Echidna avec Rouge pour le trouver. Pendant ce temps, Silver the Hedgehog est revenu d'un avenir désormais ruiné causé par l'IFrit. Afin de faire un avenir plus heureux, il recherche et vole le chao qui reste pour les cacher. Espio a d'abord pensé que Silver cachait Chao pour une cause de mal, mais Espio découvre que Silver essayait de sauver le monde. Ensuite, ils travaillent ensemble pour sauver le monde. Le vrai Dr Eggman envoie Metal Sonic pour trouver Shadow et lui parle des plans de Nega. Nega a appris l'Ifrit en accédant aux revues du professeur Gerald Robotnik, et Shadow and Metal Sonic a décidé de récupérer les émeraudes du chaos avant lui. Eggman utilise Metal Sonic comme dispositif de communication pour aider l'ombre en cours de route. Toutes les équipes se réunissent dans la zone haunt Mystic où se trouve le portail vers le monde de l'Ifrit. Bien que Rouge ne collectionne que six des émeraudes, le portail s'ouvre de toute façon et Nega envoie sa nouvelle copie de Metal Sonic, Metal Sonic 3.0 pour éveiller l'Ifrit. Malgré la possession de l'esprit de Sonic, Tails, Knuckles et Rouge (selon qui joue le joueur), l'Ifrit est vaincu par les autres équipes. Shadow et Metal Sonic battent l'Ifrit et ferment le portail, mais eux et Eggman Nega sont piégés dans la dimension de l'Ifrit. Cependant, Metal Sonic déchire son châssis, révélant le 7e chaos émeraude. Shadow utilise l'émeraude pour se téléporter avec Metal Sonic. Nega est laissée piégée sous des décombres. Sonic and Tails sauve tout le chao et les amenez dans un jardin Chao et se détendez-vous là-bas tandis que Knuckles trouve le maître émeraude dans le détecteur d'émeraude que lui et Rouge ont volé à Eggman Nega. Rouge vole le maître émeraude et court, et Silver revient à ce qu'il espère être un avenir heureux. Espio doit répondre à Vector le crocodile qui a dépensé le paiement avancé de son client sur les frais de location tardifs.