Évoluant de l'action de combat en tête-à-tête de la série Ultimate Ninja, Naruto: Ultimate Ninja Storm permet aux joueurs de se battre en 3D dans les environnements massifs. Les joueurs déchaînent de puissantes attaques du jutsu, effectuent des manœuvres évasives acrobatiques et même montent des murs et sur l'eau alors qu'ils poursuivent leur adversaire pour la suprématie en ninja. Les joueurs personnalisent le style de combat de leur personnage et recrutent jusqu'à deux personnages de soutien pour mettre leur propre tampon sur l'action. Chaque personnage du jeu est capable de libérer de puissantes capacités d'éveil dans certaines conditions de gameplay, offrant de nouveaux traits et talents à la liste Ninja de 25 personnages populaires du jeu de la série animée. Naruto: Ultimate Ninja Storm soutient le multijoueur en tête-à-tête qui se bat pour jusqu'à deux joueurs. Permettre aux joueurs de s'immerger davantage dans le monde de Naruto, Naruto: Ultimate Ninja Storm introduit une toute nouvelle exploration libre à travers le village des feuilles caché et la forêt de la mort. Les joueurs peuvent rechercher chaque pouce de ces environnements emblématiques pour prendre plus de 100 missions uniques, collecter des parchemins précieux et interagir avec des personnages supplémentaires de la série animée Naruto. Injectant une variété supplémentaire au combat en tête-à-tête du jeu, ces missions comprennent des courses, des livraisons spéciales et des batailles à grande échelle contre des adversaires massifs.