Les versions portables de Lego Batman 2: DC Super Heroes (la suite de Lego Batman: The Videogy) conservent le même scénario que leurs cousins ​​de la console domestique, dans lesquels Batman et Robin doivent faire équipe avec des personnages de l'univers DC (y compris Superman, Green Lantern, The Flash and Wonder Woman, entre autres) pour sauver Gotham City de la nouvelle alliance Formed of the Joker and Lex Luthor. Ces versions incluent 14 niveaux dans lesquels les joueurs doivent aider le duo dynamique (avec la Justice League dans les stades ultérieurs) à collecter des crampons, à vaincre les ennemis et à interagir avec de nombreux objets dans un environnement en monde ouvert semblable aux éditions de la console domestique. Après avoir terminé le scénario principal, il y a des missions supplémentaires à réaliser avec la Justice League pour débloquer 5 personnages supplémentaires au sein du Batcomputer. Les pièces Minikit collectées déverrouillent un nouveau personnage (un pour chacun), les capacités de déverrouillage des briques rouges dans le menu des extras et les piqûres sonores (introduites dans ce jeu et sont constituées de notes de musique bleue) contiennent un mini-dialogue vocal de certains personnages. L'écran tactile pour les consoles 3DS et DS est utilisé pour sélectionner les caractères, choisir les capacités actuelles du personnage et choisir un personnage à jouer à tout moment (uniquement utilisé pour le jeu gratuit), tandis que l'action se déroule sur l'écran supérieur. En revanche, toute l'action a lieu sur l'écran unique de la PS Vita. Les versions portables permettent également d'économiser les progrès du niveau actuel réalisés et sont accessibles à tout moment à partir de l'écran de jeu de chargement.