Sonic the Hedgehog 3 & Knuckles a été remasterisé et libéré dans le cadre de la compilation des origines Sonic, aux côtés des remasters de Sonic 1, 2 et CD. Il a des améliorations par rapport à la version originale, comme un support grand écran et une résolution plus élevée, en raison de la course dans un moteur différent du jeu d'origine. Comme les autres ports de la compilation, ce remaster ajoute également la capacité de Drop Dash qui a joué dans Sonic Mania. Une partie de la bande-son a dû être changée par les chansons du port PC de Sonic The Hedgehog 3, qui sont basées sur la bande sonore bêta du jeu.