Ce titre d'action-aventure est présenté chez une troisième personne, pseudo-3D, ce qui signifie que tous les modèles de jeu sont rendus en 3D, mais le monde dans lequel le joueur parcourt est pré-rendu. Lorsqu'il est joué, la Nintendo DS a lieu latéralement, comme dans l'hôtel Dusk: Room 215 et Brain Age: Train Your Brain en quelques minutes par jour!. L'écran de gauche affiche la carte de la zone, tandis que la droite affiche le gameplay principal, lorsqu'il est défini pour le jeu droitier, et inverse lorsqu'il est défini pour le jeu gauche. Situé six mois après Ninja Gaiden, Ryu Hayabusa a reconstruit le village de Hayabusa. Lorsque son autre villageois et Kunoichi, Momiji, est kidnappé par le clan Black Spider Ninja, il est obligé de la retrouver, tout en découvrant les secrets derrière les mystérieuses Dark Dragonstones et leur relation avec la lignée du dragon