Apollo Justice est le premier jeu de la série qui ne présente pas Phoenix Wright en tant que protagoniste principal, bien que ce ne soit pas la première fois qu'un autre avocat est jouable. Le jeu se déroule en 2026, ce qui est sept ans après Phoenix Wright: ACE Attorney Trials and Tribulations. Phoenix Wright a été dépouillé de l'insigne de son avocat, et Apollo Justice, un avocat prometteur, devient son apprenti.