L'histoire suit les difficultés de Goemon pour empêcher le gang de Shoguns Peach Mountain de transformer le Japon en un théâtre de beaux-arts occidentalisé. L'intrigue nécessite trois caractéristiques musicales cinématographiques et des batailles entre les robots géants; Comme les autres jeux Ganbare Goemon, il est parsemé d'humour surréaliste et d'anachronismes. Le protagoniste de Mystical Ninja est Goemon, un ninja à sang chaud et brandissant Kiseru avec des cheveux bleus à base de cheveux en bas sur le voleur légendaire Ishikawa Goemon. Le seigneur d'Oedo lui demande de trouver ceux qui mutillent le château d'Oedo. Goemon vit dans la ville d'Oedo et est ami avec Ebisumaru, un homme de gros gourmand étrange qui porte un bandana bleu. Ebisumaru est défini comme paresseux et perverti. Leur ami lancé par Kunai Sasuke est un ninja mécanique (fabriqué par le sage de l'IGA) qui aime les bains chauds et le thé japonais. Farouillage des héros est Yae, un Kunoichi brandissant une épée féroce, qui arrive sur le groupe de Goemon dans la ville de Zazen. Les méchants du jeu proviennent de l'organisation Peach Mountain Shoguns et comprennent un gang de quatre "cinglés" dirigés par Spring Breeze Dancin '(danshin Harukaze) et Kitty Lily (Margaret Ranko). Ils ont l'intention de transformer le Japon en une scène pour leurs talents.