Yoshi et Baby Mario sont de retour dans la nouvelle île de Yoshi, le troisième épisode de la franchise bien-aimée. Les mécanismes de jeu amusants de la série tels que le retour du saut de flottement, de la livre au sol et du retour d'oeufs de Yoshi, mais maintenant Yoshi connaît également une tonne de nouvelles astuces. Yoshi arrive à frapper et à débarrasser son environnement en lançant autour de Mega Eggdozers et Metal Eggdozers. Yoshi peut également se transformer en une variété d'objets, comme un marteau-piqueur ou un sous-marin, qui peuvent tous deux être manipulés à l'aide des commandes gyroscopiques Nintendo 3DS. Un certain type d'étoile le transforme même en Super Yoshi, lui donnant la capacité de voler dans le ciel ou de courir le long des murs et des plafonds. Les joueurs qui ont du mal à terminer un niveau pourraient voir l'apparence des ailes de flottement, qui permettent à Yoshi voler dans les airs.