Basé sur la série de dessins animés, dans le jeu Boy Advance, les joueurs doivent diriger Scooby-Doo et Shaggy à travers cinq énormes épisodes, explorant des environnements effrayants tels qu'un ensemble de cinéma abandonné, le Wild West macabre, un bayou et un laboratoire couvert de toile à toi. Ils doivent trouver le tome de Doom, capturer des monstres et résoudre le mystère, grignoter Scooby Snacks (TM) en cours de route. Le jeu de style plate-forme comprend des monstres surmontés, la recherche d'indices et de résolution de puzzle.