Spider-Man: Edge of Time est un suivi des dimensions brisées, et de même, il a plus d'un Spider-Man joue un rôle principal. Ici, c'est le Spider-Man régulier et classique ", Spider-Man et Spider-Man 2099 - dans une histoire incomparable dans le voyage dans le temps, les batailles temporelles et l'anti-venom. L'épine dorsale de cette histoire semble se jouer davantage comme une histoire de Spider-Man 2099, car il est le seul personnage vraiment conscient des événements du jeu et des changements que les deux hommes de Spider-Men rencontrent. Depuis l'ouverture, les choses sont sombres pour Amazing Spider-Man qui commence le jeu presque mort, et 2099 est le seul à pouvoir aider. Un nouveau méchant Walker Sloan entre dans l'image avec un plan pour reconstruire le passé (à partir de l'an 2099) dans son image et son design, qui se tourne pour affecter les deux araignées. À partir de ce moment, le chaos se déroule à la mode de bande dessinée typique avec un gameplay uniformément réparti entre Amazing Spider-Man et Spider-Man 2099, avec tous les autres niveaux entrelacés avec les événements de l'une Spidey à l'autre.