L'histoire de Renegade se déroule au cours des derniers jours de la première guerre du Tiberium à l'origine représentée en commandement et conquér. Les trois principaux spécialistes de la recherche de Tiberium de GDI ont été enlevés par la confrérie de Nod. Le joueur assume le rôle du capitaine du commando du GDI Nick "Havoc" Parker, qui est affecté à sauver ces experts. Il mène des missions qui l'emmènent dans le monde entier dans divers pays et climats, à l'intérieur et en plein air, et ses actions affectent grandement l'état actuel de la guerre. Au fur et à mesure que le jeu progresse, il est révélé que les spécialistes ont été contraints de la recherche en biochimie pour le top secret de la fraternité «Re-Génénéis», une tentative de création de super-soldats génétiquement améliorés à l'aide du Tiberium. Alors que le joueur joue une mission, l'EVA en jeu, ou une assistance vidéo électronique, se met à jour périodique avec des objectifs de mission. EVA enregistre et met à jour tous les objectifs et leur statut actuel. Les objectifs sont classés en trois catégories: primaire, secondaire et tertiaire. L'achèvement des objectifs primaires est crucial pour le succès de cette mission. Les objectifs secondaires ne sont pas requis pour l'achèvement de la mission, mais peuvent aider au jeu. Les missions tertiaires, qui sont généralement cachées, n'aident pas beaucoup au jeu, mais affecteront votre "rang" final à la fin de chaque mission.