S'appuyant sur le succès de Naruto: Rise of a Ninja, cette nouvelle aventure mène l'histoire à un niveau plus profond dans l'univers de Naruto. Maintenant un ninja respecté, Naruto évolue vers un héros mature et fort. Cependant, il se retrouvera bientôt entouré de conflits. Forcée de revivre des souvenirs amers, le meilleur ami de Naruto, Sasuke, se lance dans une quête autodestructrice de pouvoir. Maintenant, avec l'aide de ses amis, Naruto doit affronter Sasuke et le sauver avant qu'il ne soit trop tard.