Parmi une variété de arrière-plans 2D colorés, Patapon se déploie à travers plus de 30 missions avec plus de 20 environnements différents, où les joueurs sont chargés de mettre en place l'armée de Patapon, de collecter des ressources et d'utiliser la stratégie pour transformer la tribu en une force de combat dévastatrice. Intégrant divers battements de tambour à chronométrage en temps réel pour contrôler les patapons, les joueurs traverseront stratégiquement chaque environnement, luttant contre les ennemis à chaque étape du chemin. Le jeu présente une variété de types de guerriers tels que les archers, l'infanterie, la cavalerie et plus que les joueurs peuvent débloquer, ainsi qu'une large sélection de plus de 100 améliorations d'armes et de boucliers, permettant aux joueurs de personnaliser leurs forces tout au long de l'aventure.