Madden NFL 2001 comprend plusieurs modes personnalisables. Les joueurs ont la possibilité de créer un jeu, de créer un joueur, de gérer une franchise et de collecter des Madden Cards, permettant aux joueurs d'effectuer certaines actions pendant le jeu (par exemple, ajouter un 5e essai ou limiter l'équipe contrôlée par le processeur à un troisième essai). Les cartes peuvent également modifier les notes individuelles des joueurs, débloquer des stades spéciaux et débloquer les équipes du Temple de la renommée et All-Madden.