Metal Gear Solid 2 : Substance est une édition remaniée et révisée du jeu original Metal Gear Solid 2 : Sons of Liberty, dans lequel Solid Snake doit récupérer le Metal Gear Ray volé à un groupe de terroristes déterminés à utiliser son pouvoir pour des raisons impensables. Le jeu de tir d'espionnage original s'accompagne d'une collection de 200 missions VR. Les missions vont de tuer certaines cibles et d'utiliser des armes particulières, ainsi que de voir le monde de Solid Snake sous différents angles et styles, avec des modes de cible à la première personne et un mode varié comprenant des personnages fous de différentes formes et tailles. Sont également incluses diverses missions alternatives, allant du protagoniste se faufilant et prenant des photos de cibles à l'élimination des bombes, à la destruction totale, et bien plus encore.