Dans cette aventure, vous serez transféré de la Naranja Academy à son école sœur, la Blueberry Academy. Contrairement à l'Académie Naranja, avec sa longue et riche histoire, cette école n'a été créée que récemment et se concentre sur l'enseignement des combats Pokémon. Ce qui est unique à la Blueberry Academy, c'est qu'une grande partie se trouve en réalité dans la mer ! Assistez aux cours, mêlez-vous aux étudiants locaux et vivez une nouvelle vie scolaire qui a tout sauf ordinaire. - Vous devez avoir terminé la fin de Pokémon Écarlate et la Partie 1 : Le Masque Bleu Sarcelle pour accéder à l'histoire principale de la Partie 2 : Le Disque Indigo.