Situé dans le contexte de la période Sengoku Jidai (États en guerre), du XVe au début du XVIIe siècle, Shogun : Total War est un jeu de tactique en temps réel et de stratégie au tour par tour fortement axé sur l'authenticité historique. Les joueurs prennent le contrôle d'un daimyo (chef) d'un clan japonais contemporain et tentent de conquérir la nation et de revendiquer le titre de Shogun suprême, le dirigeant militaire incontesté du Japon. Le gameplay se compose de deux parties : un mode de style Risque au tour par tour sur une carte de campagne 2D du Japon où le joueur doit recruter, gérer et déplacer ses armées, mener des activités diplomatiques, commerciales, d'espionnage, de sabotage et d'assassinats. Cette carte 2D sert cependant en fin de compte à fournir un contexte pour les batailles 3D en temps réel qui constituent la partie principale du jeu et se produisent chaque fois que votre armée traverse le territoire ennemi ou que deux forces opposées se rencontrent sur la carte de campagne.