Pendant un millénaire, trois forces opposées de l’humanité – la Nation Cybran, les Aeon Illuminate et la United Earth Federation – ont mené une guerre acharnée et sanglante contre des systèmes de croyance contradictoires et inébranlables. Il n’y a pas de place pour le compromis. Pas de place pour la pitié. Il n’y a de place pour rien d’autre que l’éradication complète de toute personne ayant des systèmes de croyances opposés. Appelé Guerre Infinie, cet horrible conflit a brisé une galaxie autrefois paisible et n'a fait qu'approfondir la haine et les schismes entre les trois factions. Aujourd’hui, après des siècles de lutte, la bataille pour la suprématie a enfin atteint un tournant. Vous êtes un commandant suprême et vous seul avez le pouvoir de mettre fin une fois pour toutes à la guerre infinie. Se déroulant au 37ème siècle, Supreme Commander marque la prochaine évolution du genre RTS en étant le premier jeu de stratégie à offrir une véritable expérience stratégique et tactique.