Perfect Cherry Blossom propose trois personnages jouables parmi lesquels choisir, et chaque personnage possède deux ensembles de compétences différents. Reimu Hakurei est relativement équilibré dans tous les domaines. Marisa Kirisame se déplace plus rapidement et utilise des attaques plus puissantes avec moins de portée. Sakuya Izayoi se déplace plus lentement et utilise des attaques plus faibles qui peuvent toucher à peu près tout ce qui se trouve à l'écran. Un ajout majeur à Perfect Cherry Blossom est le système de notation « Cherry ». Tirer sur des ennemis augmente vos Cherry Points, bombarder ou mourir diminue vos Cherry Points, et atteindre 50 000 Cherry Points vous donne un bouclier temporaire. Les Cherry Points conduisent finalement à une jauge Cherry plus élevée, ce qui augmente les points que vous recevez des objets ponctuels. D'autres changements importants sont l'apparence de la hitbox de votre personnage lorsque vous êtes concentré, les propriétés de vos attaques selon que vous êtes concentré ou non, et un curseur utile le long de la marge inférieure lors d'un combat de boss qui indique l'emplacement du boss. Ce jeu est également unique dans le sens où il comprend une « étape fantôme » qui ne peut être jouée qu'après avoir terminé l'étape supplémentaire. ZUN a déclaré que l'Extra Stage de ce jeu était censé être une version « mode facile » ; peut-être que Phantasm Stage était l'Extra Stage original pendant le développement.